En caso de tener que tratarse mediante un plaguicida - si las medidas preventivas y las medidas activas de control por métodos físicos y biológicos son insuficientes para controlar la plaga por si mismas -  pasaremos a la elección de un plaguicida, aquí haremos especial hincapié a los plaguicidas biorracionales, que es la tendencia dentro del control integrado de plagas, pero reseñaremos los plaguicidas tradicionales pues son totalmente validos y también se sigue avanzando en ese campo.

Actúan consiguiendo que en el hábitat donde viven las larvas, exista una concentración elevada de hormonas juveniles y a consecuencia de ello las larvas evolucionan hacia pupas degeneradas así como a adultos no viables. Se utilizan bastante en el tratamiento de moscas y mosquitos.

Son preparaciones a bases de bacterias que actúan produciendo una parálisis intestinal o por debilitamiento del individuo, hasta la muerte, ante la rápida reproducción de bacterias en el torrente sanguíneo que es un medio muy adecuado para la reproducción de bacterias. Se están utilizando en el tratamiento de mosquitos y diferente plagas de los cultivos y arboles ornamentales. Es muy conocido el tratamiento con Bacillus thuringensis.

Se están comercializando hoy en día geles que pueden caer en el apartado de biorracionales, como pueden ser las familias química de los Fenil-pirazoles, que actúan como inhibidor de la Gaba, o la Hidrometilnona, destacan por su baja toxicidad. Se están utilizando en el tratamiento de cucarachas, pulgas y hormigas.

Las feromonas son sustancias químicas segregadas por los insectos que causa una respuesta en otro insecto de la misma especie. Existen varias clases de feromonas pueden ser feromonas de alarma que indica a los insectos de su misma especie que hay un peligro inminente, feromonas de pista que indica el camino a seguir, feromonas sexuales para atraer a la pareja, entre otras. La novedad es que estas sustancias químicas han logrado sintetizarse en laboratorio y se usan para el control de insectos, sobre todo para verificar la presencia de ellos en un determinado espacio, y con ello se reduce la utilización de plaguicidas. Existen feromonas para varios tipos de insectos como cucarachas, escarabajos de los granos, polillas, avispas, moscas y carcomas entre otros.